Un autoentrepreneur qui déclare un chiffre d’affaires chaque mois pense logiquement cotiser pour ses droits sociaux, congé paternité inclus. En pratique, la mécanique d’indemnisation réserve plusieurs pièges que le site ameli.fr ne détaille pas, notamment sur le calcul du revenu de référence et sur la cessation d’activité réelle exigée pendant toute la durée du congé.
Cessation d’activité pendant le congé paternité autoentrepreneur : la règle qu’on sous-estime
Quand on est salarié, le congé paternité se résume à prévenir l’employeur et à envoyer l’acte de naissance. Pour un autoentrepreneur, la CPAM exige une cessation totale d’activité professionnelle pendant toute la période indemnisée. Pas de facturation, pas de prestation, pas même un mail client en théorie.
Cette obligation repose sur une déclaration sur l’honneur. On signe un document attestant qu’on n’exerce plus. Le problème, c’est que la notion de « cessation » reste floue pour une micro-entreprise sans horaires fixes ni bureau physique.
Plusieurs témoignages sur le forum Ameli montrent des autoentrepreneurs qui ont continué à facturer pendant leur congé, puis se sont vu réclamer le remboursement des indemnités journalières. La CPAM peut croiser les déclarations de chiffre d’affaires URSSAF avec les périodes d’arrêt déclarées. Si un chiffre d’affaires apparaît sur un mois censé être couvert par le congé, le risque de contrôle existe.
La précaution concrète : déclarer un chiffre d’affaires nul sur la période du congé auprès de l’URSSAF et anticiper la facturation de vos prestations en cours avant la naissance. Terminez vos missions ou décalez leur paiement pour que la période de congé soit propre sur le plan déclaratif.

Revenu de référence et indemnités journalières : le calcul que personne ne détaille
Le montant des indemnités journalières du congé paternité pour un autoentrepreneur dépend du revenu annuel moyen des trois dernières années civiles. La CPAM applique un abattement forfaitaire sur le chiffre d’affaires déclaré (qui varie selon l’activité : vente, prestation de services, profession libérale) pour obtenir un revenu net.
C’est ce revenu net, et non le chiffre d’affaires brut, qui sert de base. Un autoentrepreneur en prestation de services avec un abattement de 50 % verra donc son revenu de référence divisé par deux par rapport à ce qu’il déclare chaque trimestre.
Le piège des premières années d’activité
Si la micro-entreprise a moins de trois ans d’existence, la CPAM calcule sur les années disponibles. Avec une seule année d’activité et un démarrage lent, le revenu moyen peut tomber très bas, réduisant les indemnités à quelques euros par jour.
Les retours varient sur ce point selon les CPAM, mais la règle officielle reste claire : un revenu annuel moyen inférieur à 10 % du plafond annuel de la Sécurité sociale donne droit à des indemnités fortement réduites. Pour un autoentrepreneur qui a facturé peu les premières années, la surprise à la naissance peut être brutale.
- Vérifiez votre revenu annuel moyen sur les trois dernières années avant de planifier le congé, en appliquant l’abattement correspondant à votre catégorie d’activité.
- Si votre activité a moins de trois ans, demandez une simulation à votre CPAM pour connaître le montant exact de vos indemnités journalières.
- Gardez une trésorerie de sécurité couvrant au moins la durée du congé, car les indemnités ne compenseront qu’une fraction de votre revenu réel.
Congé supplémentaire de naissance 2026 : un droit cumulable encore méconnu
Depuis le 1er juillet 2026, un nouveau dispositif s’ajoute au congé paternité classique pour les indépendants. Le congé supplémentaire de naissance permet de prolonger l’arrêt d’un ou deux mois supplémentaires, à prendre dans les neuf mois suivant la naissance ou l’adoption.
Ce congé ne remplace pas le congé paternité. Il vient après. On prend d’abord les 25 jours du congé paternité (ou 32 en cas de naissances multiples), puis on peut enchaîner avec ce congé supplémentaire. La condition : avoir déjà bénéficié d’un congé de paternité et suspendre totalement son activité pendant la période.
Indemnisation du congé supplémentaire pour les autoentrepreneurs
L’indemnité journalière forfaitaire de ce congé supplémentaire est calculée différemment du congé paternité classique. Elle représente 70 % d’une base de référence le premier mois, puis 60 % le second mois. Pour les autoentrepreneurs dont le revenu est inférieur à 10 % du plafond annuel de la Sécurité sociale, le montant est fortement minoré.
Concrètement, un autoentrepreneur avec un chiffre d’affaires modeste touchera très peu sur ce congé supplémentaire. Le cumul des deux congés peut représenter près de trois mois d’arrêt, mais l’indemnisation dégressive rend la fin de période difficile à financer sans épargne préalable.

Démarches CPAM pour le congé paternité en micro-entreprise : le parcours réel
La demande de congé paternité doit être adressée à la CPAM au moins un mois avant la date prévue de début du congé. On envoie l’acte de naissance (ou le certificat médical attestant de la grossesse pour anticiper), une attestation sur l’honneur de cessation d’activité, et un justificatif d’affiliation à la Sécurité sociale des indépendants.
En pratique, les délais de traitement varient selon les caisses. Certains autoentrepreneurs rapportent des versements intervenant plusieurs semaines après la fin du congé. Anticiper la demande et relancer la CPAM par courrier recommandé si le dossier traîne fait partie du parcours réel.
- Envoyez votre demande à la CPAM au moins un mois avant le début souhaité du congé paternité.
- Joignez systématiquement l’attestation sur l’honneur de cessation d’activité, même si elle ne vous est pas explicitement demandée au départ.
- Conservez une copie de chaque document envoyé et notez les dates de vos échanges avec la caisse pour pouvoir relancer efficacement.
- Pour le congé supplémentaire de naissance, faites une demande distincte après la fin de votre congé paternité.
Le congé paternité autoentrepreneur fonctionne sur le papier comme celui des salariés. La différence se joue dans les détails : le calcul du revenu de référence après abattement, l’exigence de cessation totale d’activité vérifiable via les déclarations URSSAF, et désormais l’articulation avec le congé supplémentaire de naissance. Préparer son dossier et sa trésorerie avant la naissance reste la seule façon d’éviter un trou de revenus que les indemnités ne combleront pas.

